Die Organe des Vereins sind die Mitgliederversammlung und der gewählte Vorstand. Beratend kommen dazu der Beirat und der Elternrat. Die rechtliche Grundlage aller Funktionen und Gruppierungen des Vereins sind in der Satzung festgelegt. Um die Schule unterhalten und den Schulbetrieb finanzieren zu können, werden neben den staatlichen Förderungen und freiwilligen Spenden Schulbeiträge von den Eltern erhoben. Die Höhe der Beiträge ist in der Beitragsordnung festgelegt.

Das Prinzip der Selbstverwaltung ist das zentrale Anliegen der Organisation einer Waldorfschule. Es gibt keine hierarchische Struktur, wie sie an öffentlichen Schulen vom Kultusministerium bis herunter zu den einzelnen Lehrkräften gebräuchlich ist. Das Lehrerkollegium verwaltet alles autonom, was mit der Pädagogik und der Schulführung im unterrichtlichen Bereich zusammenhängt. Darüber hinaus ist jeder einzelne Lehrer und jede einzelne Lehrerin selbst verantwortlich für seinen Unterricht und sein pädagogisches Tun. Er ist aber dem gesamten Kollegium Rechenschaft schuldig. – Dieses Prinzip von Freiheit und Verantwortung und einer kollegialen Schulführung erfordert ein zusätzliches Engagement der Lehrerschaft, auch in zeitlicher Hinsicht über das Unterrichtsdeputat hinaus. In den wöchentlich stattfindenden Konferenzen ist die Möglichkeit der Mitgestaltung des Schulorganismus gegeben. Die Beschlüsse der Konferenz sind dann bindend.

Dieses Selbstverwaltungsprinzip geht auf die Dreigliederungsidee Rudolf Steiners zurück. Pädagogik gehört demnach zum Geistesleben, zur Kultur, die unabhängig sein muss. Weder wirtschaftliche Interessen noch staatlich-politische Zielrichtungen sollten das Kulturleben bestimmen. Deshalb spricht Steiner auch von einem „freien“ Geistesleben. Das führt in der Waldorfschule dazu, dass wirtschaftliche und rechtliche Belange von der Pädagogik getrennt werden. Die Sorge für die Finanzen, die wirtschaftliche Seite also, und die juristische Seite sind Aufgabe des Schulvereins. Pädagogische Entscheidungen der Lehrerkonferenz sind davon unabhängig.